begin parameters A_init 100 B_init 100 C_init 0 D_init 0 E_tot 100 kp 1 km 1 end parameters begin species A(e) A_init B(e) B_init C(e) C_init D(e) D_init E(ac,bd) E_tot end species begin reaction rules 1 E(ac) + A(e) -> E(ac!1).A(e!1) kp #s1,s4,s13 2 E(bd) + B(e) -> E(bd!1).B(e!1) kp #s2,s3,s11 3 E(ac!1,bd!2).A(e!1).B(e!2) -> E(ac!1,bd!2).C(e!1).D(e!2) kp 4 E(ac!1).C(e!1) -> E(ac) + C(e) km \ exclude_reactants(1,B) #s6,s8 5 E(bd!1).D(e!1) -> E(bd) + D(e) km \ exclude_reactants(1,A) #s7,s9 6 E(ac,bd!1).B(e!1) + C(e) -> E(ac!2,bd!1).B(e!1).C(e!2) kp #s10 7 E(ac!1,bd).A(e!1) + D(e) -> E(ac!1,bd!2).A(e!1).D(e!2) kp #s12 end reaction rules begin observables E_tot E A_tot A B_tot B C_tot C D_tot D end observables generate_network({overwrite=>1}); writeSBML({suffix=>"kinetics"}); #simulate_ode({suffix=>"kinetics",t_end=>10,n_steps=>100,atol=>1e-10,rtol=>1e-8});