begin parameters S5_0 100 S11_0 100 S7_0 100 F3_0 100 kp 1 km 1 end parameters begin molecules Ste5(d,s1,s2,s3) Ste11(s1,Y~U~P) Ste7(s2,Y~U~P) Fus3(s3,Y~U~P) end molecules begin species Ste5(d,s1,s2,s3) S5_0 Ste11(s1,Y~U) S11_0 Ste7(s2,Y~U) S7_0 Fus3(s3,Y~U) F3_0 end species begin reaction rules Ste5(d) + Ste5(d) <-> Ste5(d!1).Ste5(d!1) kp,km Ste5(s1) + Ste11(s1) <-> Ste5(s1!1).Ste11(s1!1) kp,km Ste5(s2) + Ste7(s2) <-> Ste5(s2!2).Ste7(s2!2) kp,km Ste5(s3) + Fus3(s3) <-> Ste5(s3!3).Fus3(s3!3) kp,km Ste5(d!0,s1!1).Ste11(s1!1,Y~U) -> Ste5(d!0,s1!1).Ste11(s1!1,Y~P) kp Ste5(d!0,s1!1,s2!2).Ste11(s1!1,Y~P).Ste7(s2!2,Y~U) -> Ste5(d!0,s1!1,s2!2).Ste11(s1!1,Y~P).Ste7(s2!2,Y~P) kp Ste5(d!0,s2!2,s3!3).Ste7(s2!2,Y~P).Fus3(s3!3,Y~U) -> Ste5(d!0,s2!2,s3!3).Ste7(s2!2,Y~P).Fus3(s3!3,Y~P) kp Ste11(Y~P) -> Ste11(Y~U) km Ste7(Y~P) -> Ste7(Y~U) km Fus3(Y~P) -> Fus3(Y~U) km end reaction rules begin observables Molecules Fus3_P_total Fus3(Y~P) Molecules Fus3_P_cytosol Fus3(s3,Y~P) Molecules Fus3_P_aggregate Fus3(s3!3,Y~P) Molecules Fus3_P_aggregate_Ste5 Ste5(s3!3).Fus3(s3!3,Y~P) Molecules Fus3_P_aggregate_Ste7 Ste5(s2!2).Ste7(s2!2,Y~P!4).Fus3(s3!4,Y~P) end observables generate_network(); writeSBML(); simulate_ode({t_end=>50,n_steps=>50});